在他演艺生涯早期,他同时使用吉布森(Gibson)和芬达(Fender)的吉他。在1965年中,当他买了一把产于1960年的「吉布森·莱斯·保罗」(Gibson Les Paul)吉他后,他成为吉布森演奏者,他在「约翰·梅奥尔和布鲁斯破坏者乐队」期间用的就是这把吉他。
在奶油乐队的时候,他那把珍贵的吉布森保罗标准吉他不幸被盗,他继续使用吉布森其它吉他,如吉布森火鸟(Gibson Firebird)和吉布森ES-335(Gibson ES-335)。不过他最有名的吉他莫过于1964年的吉布森SG(Gibson SG)。那把吉他以特别的迷幻的外观而闻名。1967年早期,在他们第一次美国演唱会之前,克莱普顿的SG,布鲁斯的芬达六号吉他(Fender VI )还有贝克的鼓都重新油漆成流行的迷幻色彩。
克莱普顿在披头士的专缉「当我的吉他轻声抽泣」(While My Guitar Gently Weeps)中用的是一把吉布森保罗吉他。他把他的SG吉他借给了歌手杰克·罗马克思(Jackie Lomax),不久以后罗马克思将吉他以500美元的价格卖给了音乐人托德·朗德格伦,朗德格伦将吉他重新整修,取名为「阳光」(Sunny),名字来源于歌曲「爱的阳光」(Sunshine Of Your Love)。朗德格伦十分喜爱这把吉他,在1970年代中期一直使用它,直到1977年让它退役。2000年他又重新维修了这把吉他,在一次拍卖会上以15万美金价格售出。
另一件将克莱普顿的吉他和汤森德联系在一起的轶事发生在海德摇滚咖啡店。1971年,克莱普顿是伦敦海德公园旁海德摇滚咖啡店的常客。他把自己的一把签名吉他送给了咖啡店,以证明这是自己最喜欢的一个地方。汤森德也将自己的一把吉他签上「我的和他的一样好,佩特。」(Mine's as good as his! Love, Pete.)自此,收集珍贵纪念品,成了海德摇滚咖啡店特殊的风气。
之后,克莱普顿在别人的影响下开始使用芬达斯特拉托卡斯特吉他(Fender Stratocaster)。第一把是「布朗尼」(Brownie)。1971年专辑「莱拉和其他情歌」(Layla and Other Assorted Love Songs)用的就是这把吉他。之后,他换成了「布莱克」(Blackie),也是克莱普顿最出名的吉他之一,一直使用到1985年吉他报废为止。